如果冲水时马桶盖打开，马桶内的瞬间气旋**可以将病菌或微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，进而落在墙壁和牙刷、漱口杯、毛巾上。
调查发现，32%的马桶上有痢疾杆菌，其中一种名为“宋内”的痢疾杆菌在马桶圈上存活的时间长达17天;另一份实验报告也指出，将1亿个脊髓灰质炎病毒投入马桶内，溅到座圈上的病毒竟有3000个。同时，不少人冬天喜欢在马桶上套个绒布垫圈，这样更容易吸附、滞留排泄污染物，传播疾病的可能性更大。
马桶容易沾染尿渍、粪便等污物，冲水后如果发现仍留有残迹，一定要及时用马桶刷清除干净，否则容易形成黄斑污渍，也会滋生霉菌和细菌。除了管道口附近，马桶内缘出水口处和底座外侧都是藏污纳垢的地方，清洗时先把马桶圈掀起，并用洁厕剂喷淋内部，数分钟后，再用马桶刷彻底刷洗一遍，**用细头的刷子，这样能更好地清洁马桶内缘和管道口深处。然后再刷洗底座和其他缝隙。
平时也可以在水箱中放置渐溶式自动洁厕剂或挂上壁挂式消毒栓，通过每次冲洗达到清洁、除垢、消毒除菌的效果。
大多数家庭都会在马桶边设一个废纸篓，存放使用过的厕纸，但这样会造成细菌随空气散播，因为很少有人能做到随时清理，至少都会存放一两天，而时间越长，滋生的细菌就越多。
应该将厕纸丢进马桶内冲走，只要不是太厚、太韧，厕纸一般都能在水中很快变软，所以不用担心堵塞。有需要时，备一个卫生袋就可以，没必要再设废纸篓。如果一定要用，也要选带盖子的，以防细菌散播，并及时处理用过的厕纸。
