使用生态卫生厕所可以粪尿分离能够实现零污染、零感染、零废弃物“三零”及减量化、无害化、资源化“。粪尿分集式厕所是指采用粪尿不混合的便器把粪和尿分别进行收集和处理利用的厕所。粪便通过阳光晒后脱水，达到无害化，成为良好的土壤肥料，尿则可直接利用。
目前在我国生态厕所使用还不是很多，我们常常能看到在有些偏远农村仍然没有足够多的厕所可供使用，有厕所的多数也都十分简陋。
20世纪90年代，生态卫生系统及其技术在许多国家成为研究、开发的热门课题。为普及生态卫生知识、展示生态卫生技术对保护环境的可操作性和普及推广价值。
“生态卫生厕所”较好地体现了生态卫生系统的思想，即卫生系统可以防止环境污染，消灭人类排泄物中的细菌、虫卵和病毒，把*终产物返回土壤，用作肥料和土壤团粒结构促进剂。生态卫生系统专家告诉人们，人类和家畜的排泄物是一种可以回收的潜在资源，利用生态卫生系统实现循环使用，可以达到生态的平衡。
